В возрасте 22 лет Святой Павел Фивейский стал отшельником и ушел от мирской суеты в пустыню, где и прожил почти в полном одиночестве всю свою жизнь. Св. Афанасий посещал Св. Павла и похоронил его после смерти. Прожил Св. Павел 119 лет. Он жил в пещере, позже перестроенной в часовню, вокруг которой и основался монастырь.

Согласно легенде, Св. Павел питался в пустыне половиной хлеба, которую благодаря милости Божьей, ему каждый день приносил ворон. Но достоверно известно, что около пещеры, в которой обосновался Св. Павел, проистекал ручей и росли финиковые пальмы, которые могли обеспечивать отшельника пропитанием.

Сегодня на территории монастыря находятся 4 церкви. Самая древняя построена над пещерой, в которой хранятся мощи Св. Павла. Церкви Св. Меркурия и Св. Михаила относятся к зодчеству XVIII века, а церковь Св. Девы находится в одной из башен крепостной стены монастыря. Среди реликвий, которыми владеет монастырь, имеются мощи Григория Богослова, Максима Исповедника, Василия Великого, а также крест с частицей Животворящего креста и другие.

Стены монастыря сохранили средневековые фрески, библиотека – более 12 тысяч печатных изданий и около 500 рукописных книг.