Министерство культуры Египта в 1962 году создало музей, в котором все найденные археологические ценности выставлялись в непосредственной близости от места их находки. Музейная коллекция была сформирована при тесном сотрудничестве ученых Отдела Египетского и Классического искусства Бруклинского музея. Экспонаты отбирались из запасников археологических экспедиций, из фондов Каирского музея, а также те памятники, которые были случайным образом обнаружены местными жителями.

Официальное открытие музея состоялось в 1975 году, и с тех пор он пользуется невероятной популярностью у туристов со всего мира. Одними из самых значительных экспонатов музея являются рельефы Тутмоса III в Дейр эль-Бахри, алебастровая скульптурная группа, которая изображает фараона Аменхотепа III и крокодилоголового бога нильской воды Себека, мифологические папирусы XI века до н. э., которые были найдены в погребениях фиванских жриц Тенетусерет-эн-пернесу и Несихонсу.