Название храма «Церковь Синагога» не совсем обычное, но его происхождение очень просто объяснить. Дело в том, что прямо из церкви, которая сегодня принадлежит греко-католической церкви, можно пройти в синагогу. Считается, что эту синагогу посещал сам Иисус, во времена которого синагогой назывались не иудейские храмы, в которых молились, а места, куда каждый человек мог прийти за советом и толкованием. Здесь решались многие спорные вопросы общины и т. д.

Известно, что во времена Иисуса в Назарете была синагога, но не факт, что это та же постройка. В описании синагоги 570 года одним из паломников говорится, что в синагоге сохранилась скамья, на которой любил сидеть Иисус, и первая Библия. Но ученые считают, что синагога была построена позже.