На своем долгом веку монастырь испытывал тяжелые времена, неоднократно подвергался разграблению, переживал забвение. Но всякий раз Господь был милостив к обители, возрождая ее.

Новая история Валаамского монастыря берет свое начало с того дня, когда с корабля, причалившего возле Воскресенского скита Большой Никоновской бухты, сошли на берег два послушника и четыре иеромонаха, чтобы возобновить деятельность монастыря. Было это 14 декабря 1989 года, а в следующем году монастырь стал ставропигиальным, то есть перешел в непосредственное подчинение синоду. С мая 1991 года в монастыре пребывает православная святыня – мощи иеросхимомонаха Антипы, валаамского подвижника. В 1999 году Патриарх Московский и Всея Руси установил 7 (20 по новому стилю) августа, во второй день празднования Преображения Господня, новый праздник – день Собора Валаамских святых.

В настоящее время Спасо-Преображенский Валаамский монастырь населяют около двухсот человек. Наблюдается на Валааме возрождение не только общежительной монастырской жизни, но и иноческой жизни в скитах – Сергиевском, Староостровском, Никольском, Всехсвятском, Предтеченском. Начали деятельность Московское, Санкт-Петербургское, Приозерское, Сортавальское и другие подворья.

Служба Валаамской обители по работе с паломниками приглашает всех желающих погостить на острове Валааме.
Уже продаются путевки на круизные теплоходы, которые направятся на Валаам в навигацию 2009 года.

В северную часть России с давних пор прибывают многие паломники, чтобы посетить остров Валаам, познакомиться с его неповторимой природой и побывать в монастыре. Известный российский гидрограф А.П.Андреев писал об этих краях, что таких замечательных мест «не встретишь нигде в Европе: множество совершенно отвесных скал, идущих и в высоту и на глубину, - островки, мыски, бухточки... Проливы, озерки между густой растительностью и угрюмыми гранитными скалами отражают на лазури все предметы, а стройный хвойный лес дополняет общую картину, придавая всему чудный, восхитительный вид».

Разработанные паломническими организациями маршруты дадут посетителям острова возможность хорошо познакомиться с русским Православием и с монастырской жизнью. Паломники и туристы могут осмотреть центральные постройки монастыря, а также иноческие скиты. Многое расскажут об острове и монастыре также экскурсии по Ладожскому озеру.

Каждый желающий может пожить в монастыре некоторое время, и за время своего пребывания на острове не только посмотреть на все его достопримечательности, но и пожить обычной жизнью насельников монастыря, выполнить определенную работу наравне с монахами.