Пещера Вифлеемских младенцев расположена в катакомбах рядом с храмом Рождества Христова. Здесь хранятся мощи и кости, убитых во время Вифлиемского погрома младенцев и их родителей.

Об этом событии говорится во второй главе Евангелия от Матфея. Узнав о том, что будущий царь Израиля родится в Вифлиеме, Ирод попросил волхвов о том, чтобы они сообщили ему точное место рождения будущего царя всех царей, которому Ирод хотел поклониться. Но волхвы знали о том, что Ирод убьет младенца. Они не вернулись в Иерусалим и не рассказали ему о месте рождения Иисуса. Тогда Ирод приказал убить всех мальчиков возрастом до двух лет. Во время избиения гибли и родители, защищавшие своих детей. Точное количество погибших до сих пор неизвестно. Согласно принятой на Руси греческой традиции принято считать, что в Вифлееме погибло 14 тыс. детей, Антиохийская православная церковь говорит о 64 тыс. младенцах-мучениках.

В самой нижней части пещеры в IV в. была построена небольшая церковь – самый древний престол в Вифлееме.